明朝初年，这儿曾是归德侯府和汉王府；清朝为江南总督署、两江总督署，也是江宁织造府的一部分。康熙、乾隆皇帝下江南时，均以此处为“行宫”。太平天国时期，天王洪秀全在此兴修规划宏大的天朝宫廷，时刻长达11年之久。尔后，曾国藩又在此处重建两江总督署。林则徐、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等清朝重臣均在此就任过两江总督。

　　1912年1月1日，孙中山在这儿就任中华民国暂时大总统；今后的15年间，这儿先后作为江苏总督府、副等组织；1927年国民政府建立，这儿成为国民政府工作地；抗日战争期间,这儿先后沦为日军机关和汪伪政权组织所在地。抗战成功后，这儿仍为国民政府和的工作地。

　　新我国建立后，此地作为政府机关工作场所。1998年，江苏省人民政府决定在原址上筹建南京我国近代史遗址博物馆。通过精心规划和多年的康复建造，逐步形成今日的规划。